食道粘膜は粘膜上皮、粘膜固有層、粘膜筋板から構成される。粘膜上皮は非角化重層扁平上皮で10から20層の細胞から成り基底細胞層、傍基底細胞層、有棘細胞層から成ります。基底細胞層は粘膜上皮の最下層に位置し、基底膜に平行に核が整然と並びます。上皮表層の細胞ほど扁平と成り、最表層の細胞は薄く広くなり、核は小型でクロマチンは濃縮するが消失はしません。基底細胞は細胞分裂が殆どみられず、Ki67陽性細胞はみられないが傍基底細胞では活発に分裂がみられます。粘膜下層には固有食道腺が存在し、その導管は粘膜表面につながっています。固有食道腺が存在する部位は必ず食道です。