①粘膜、粘膜下層優位型（粘膜病変を主として、内視鏡所見は粘膜面の発赤、びらん、浮腫等です、胃では潰瘍病変が、大腸では微細顆粒状粘膜が特異的は所見のひとつとされています）、②筋層優位型（筋層病変を主として、胃壁や腸管壁の肥厚や閉塞をきたします）、③漿膜下層優位型（漿膜下病変を主として漿膜肥厚や好酸球性腹水を認めます）。①の病型が好酸球性胃腸炎の約半数を占めます、②は約30％、③は約20％を占めます。組織学的には上皮に好酸球浸潤を認め、あるいは粘膜固有層に高倍率1視野あたり20個以上の好酸球の浸潤を認めることが特徴とされています。好酸球増多症候群、セリアック病、薬剤起因性消化管障害、好酸球性多発血管性肉芽腫、寄生虫疾患、炎症性腸疾患等を鑑別します。症状は嘔吐、下痢、腹痛等の消化管症状が慢性的に持続します。40歳代の男女ほぼ同数に好発します。既往歴は半数でアレルギー疾患があり、中でも喘息が多いです。血液検査でも好酸球増多を認めます。CTでは胃や腸管壁の肥厚所見を認めます。