腸管内で菌が増殖して下痢が主体の腸炎を起こす場合と、腸管粘膜から菌が侵入してリンパ濾胞内で増殖後菌血症から全身症状を呈する場合があります。鶏卵や鶏肉、犬や亀などのペットを介した感染も知られています。潜伏期は二日前後とやや短いです、発熱、水様下痢、腹痛等症状を呈します。カンピロバクタ腸炎と比べて血便の頻度は低いですが、高熱となることも多く、細菌性腸炎の中では最も重症です。病変部位は終末回腸が高頻度で直腸病変は低頻度（感染性腸炎ではカンピロバクタを除き一般的に直腸病変は軽微です、rectal sparing）、また連続性病変も低率です。これらの点でカンピロバクタに比してサルモネラ腸炎は潰瘍性大腸炎との鑑別は比較的容易です。O157は高熱は少ないが、血便が多いこと、粘膜所見もびらん、浮腫、出血の程度が強いこと等がサルモネラとの鑑別点です。